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2025年冬CCS特集：アフィニティサイエンス
ソフトの連携で創薬支援、構造発生からドッキングも
2025.12.03−アフィニティサイエンスは、計算科学に特化したサービスを提供し、医薬品開発や材料科学などの研究開発に用いられるソフトウエアを海外から輸入販売したり、計算科学の効果的な活用方法について、システム提案や技術支援、共同研究、受託研究などを行っている。とくに、いくつかのソフトを組み合わせて、ヒット探索からヒットツーリード、リード最適化までの一連の創薬研究プロセスをスムーズに行うことが可能。
創薬支援分野で評価が高いのが伊アルバサイエンス製品。記述子計算の「alvaDesc」、de novo分子設計を行う「alvaBuilder」、構造活性相関（QSAR）／構造物性相関（QSPR）モデル作成を行う「alvaModel」、モデルに基づいて物性推算する「alvaRunner」、分子データセットを可視化・分析する「alvaMolecule」などで構成されている。11月にバージョンアップされ、機能強化が実施されたが、同社では「alvaModel」をハイライトを当て、今月16日にはウェビナーで詳しい解説を行う予定だ。
「alvaModel」の最新バージョン3.0では、決定木やランダムフォレストといった新しいモデルタイプ、F1スコアやAUROCといった新しい分類スコア、ROC曲線やPrecision-Recall曲線といった新しいチャートが導入され、モデルを比較するための直感的なインターフェースなど、パワフルな新機能が多数導入された。
これにより、未知化合物のアッセイデータを用いた精度の高いQSARモデルがいっそう簡単に作成できるようになった。さらに、「alvaBuilder」と連携させれば、このQSARモデルによる予測値を満たす活性化合物の分子構造を数百単位で発生させることが可能。最近では、人工知能（AI）による構造生成が注目されているが、こちらの方法の方が手早くコストをかけずに行うことができるという。
このように発生させた分子構造を、ヤサラバイオサイエンス社の分子モデリングソフト「YASARA」に持ち込んで、受容体タンパク質などとのドッキング解析を行うことも容易である。そのほか、インテ・リガンド社の「LigandScout」も人気のあるソフトで、ファーマコフォアベースのインシリコスクリーニングプラットフォームを提供している。研究論文の中で使われることも多く、引き合いも順調だということだ。