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2025年冬CCS特集：コンフレックス
ペプチド医薬の配位予測、国産ソフトの信頼性で評価
2025.12.03−コンフレックスは、独自の配座空間探索・結晶構造探索プログラム「CONFLEX」をはじめ、電子構造計算プログラム「Gaussian」（米ガウシアン）、分子動力学シミュレーションパッケージ「Amber」（米カリフォルニア大学）、化学・生物研究のための統合ソフト「ChemDraw」（米レビティ）といったソフトウエア群の販売・サポート、また計算化学を研究に活用するための講習会や受託計算サービスも提供している。
とくに、今年はCONFLEXのメジャーバージョンアップが行われ、「CONFULEX 10」をリリースするとともに、基質タンパク質にペプチド医薬品が配位して複合体を形成する位置を予測できる「CONFLEX DOCK 1」を新たに製品化した。「CONFLEX DOCK 1」の使い方は簡単で、タンパク質の3次元構造が既知の場合はプロテインデータバンク（PDB）などのデータを読み込み、ペプチド薬のアミノ酸配列を入力するだけで結果が出る。
具体的には、タンパク質のアミノ酸残基を代表点（Cα原子）で粗視化し、実験構造データベースをもとに求めた4体ポテンシャルをスコアとして親和性を評価している。粗視化したポテンシャルを用いることでスコアの算出が容易になり、巨大なタンパク質でも高速かつ網羅的に探索することが可能。最もスコアの高いポーズ上にペプチド鎖を配置したあと、クラスター全体を全原子モデルに変換して、「CONFLEX 10」で精密な配座探索を実施することもできる。この方法での配座探索の結果、実験に対応した構造が得られることを確認しているという。このあたりは、来年のバージョンアップでさらに機能強化される予定だ。
一方の「CONFLEX 10」は結晶構造を探索・解析する機能が好評を得ている。有機分子の構造式からパッキング多形やコンフォメーション多形を創出して構造探索、構造最適化を行うほか、結晶多形のクラスター解析や結晶表面解析、粉末X線回折（PXRD）パターンの算出・解析などが可能。自社開発の国産ソフトであるため、問い合わせやすいことも人気の理由であるようだ。
そのほか海外の製品では、「Gaussian」が年内にもほぼ10年ぶりのバージョンアップをするといわれているほか、来年4月には「Amber 26」「Amber Tools 26」が登場する予定。「ChemDraw 25」も登場したばかりであり、これらの動きも注目される。